Tamplierlər Orta Şərqdə uğursuzluğa düçar olduqdan sonra Kipr adasında qərar tutdular. Bura sakit yer olsa da, fəaliyyət əhatəsinin genişləndirilməsi baxımından əlverişsiz idi. Üstəlik, Kipr kralı II Henrix ilə ordenin Baş Magistri Jak de Molenin münasibətləri heç də ürəkaçan deyildi. 1306-cı il aprel ayının 26-da kralın qardaşı Amori de Luzinyanın başçılığı altında baş vermış üsyan nəticəsində kral II Henrix devrildi. Yerli salnaməçilərin yazdıqlarına görə,bu üsyanın həyata keçirilməsində Jak de Molenin də barmağı vardı.
Artıq Avropanın, demək olar ki, hər yerində Tamplierlərin təqibinə və kütləvi həbslərinə başlanılmışdır. 6 may 1308-ci ildə tamplierlərin həbs olunması barədə Roma papasının 102 saylı göstərişi adaya da gəlib çatdı. Amori, görünür, tamplierlərə qarşı güc işlədilməsi məsələsində tərəddüd edirdi, amma əmrin yerinə yetirilməsi qaçılmaz idi.
12 mayda Qaliley şahzadəsi titullu Balian d’İbelen Limassola göndərildi. Əsas görəvi burda olan orden rəhbərliyindən onlara məxsus olan əmlakın, silahın və atların müsadirə olunmasına və tamplierlərin Nikosiyadakı arxiyepiskopun sarayına ev dustağı kimi salınmasına dair papa göstərişinin yerinə yetirilməsi idi. Orden rəhbərlərindən olan marşal Eme d’Ozelye danışıqlara girmək qərarına gəldi və özündən çox arxayın idi. O, qoyulmuş tələblərdən yalnız nəzarətlərində olan torpaq sahələrinin verilməsi müddəası ilə razılaşdı. Digər tələbləri isə tamamilə rədd etdi.
19 mayda digər emissar, Nikosiya kafedral məclisinin keşişi Bolduin görəvləndirildi. O, daha sərt mövqe tutaraq bildirdi ki, əgər tamplierlər qeyd olunan şərtlərlə razılaşmasalar, o, onların ölüm cəzasına layiq görülməsi, ümumiyyətlə, ordenin tamamilə məhv edilməsi yolunda əlindən gələni edəcəkdir. Tamplierlər isə bu vaxt məsələnin sentyabr ayına qədər təxirə salınmasını istədilər.
Amori məsələnin bu qədər uzanmasından narahat idi. Bu məqsədlə o, Famaqustadan olan keşiş Andrea Tartarolanı danışıqlara göndərdi. A.Tartarola orden rəhbərləri ilə, o cümlədən, marşal və yüngül piyada alayının komandanı ilə görüşlər keçirdi. Görüş yerli sinyorlardan olan Raymon Viskonta məxsus olan və Nikoziyadan 5 lyö (1 lyö = 4.5 km) məsafədə yerləşən Nisso qəsrində baş tutdu. Burada may ayının 24-də tərəflər arasında müqavilə imzalandı. Üç gün ərzində Eme d’Ozelye digər orden rəhbərləri ilə birlikdə Nikosiyaya – Amorinin qəbuluna aparıldılar. Tamplierlər burada ruhanilər və mülkü şəxslər qarşısında bəyanatlar verdilər. Bu bəyanatlar Bolduin tərəfindən fransızcaya tərcümə olunaraq toplaşanlara çatdırıldı. Bolduin elan etdi ki, tamplierlər də rəhmli və xeyirxah xristianlardır və daima xristianlığın qorunması uğrunda vuruşmuşlar. Sonra orden rəhbərləri qardaşlardan olan iki nəfər serjantla birlikdə Kiprdə olan tamplierlər adına and içdilər. (Bu zaman Kiprdə 83 cəngavər və 35 qulluqçu vardı)
Lakin bununla yanaşı, ada rəhbərliyi Limassola gizli surətdə cəngavər və piyada hissələri göndərdilər. May ayının 28-də gecə məxfi iclas keçirildi. İclasda papanın göstərişi bir daha müzakirə olundu. Növbəti gün məmurlar tamplierlərin Nikosiyadakı mülklərini siyahıya almağa başladılar. Amma tamplierlər bundan qabaq öz varidatlarının xeyli hissəsini gizli surətdə Limassola göndərə bilmişdilər. Analoji vəziyyət tamplierlərin Pafos və Famaqustadakı mülklərində də baş vermişdi. Mayın 29 -da Eme d’Ozelye öz adamlarıyla Nikosiyanı tərk etdi və silahlı toqquşmaya hazırlığa başladı. Lakin Amori hiylə ilə onları çətin vəziyyətə saldı və iyunun 1-də tamplierlər təslim oldular. Müsadirə olunan pulun miqdarı 120 min gümüş bezant idi. Görünür, varidatın böyük qismini tamplierlər gizlədə bilmişdilər.Tamplierlərin bir qismi Xirokiti qalasına salındılar. Digər hissəsi isə Yermasoya sürgün edildilər.
Bundan sonra uzun bir fasilə yarandı. Məhkəmə dinləmələri 1310-cu ilin mayınadək təxirə salındı. Papanın 2 nümayəndəsi – Ale monastrının keşişi Bartolomeo və San Covanni monastrının baş keşişi Tomas yazda artıq Kiprdə idilər. Limassol və Famaqusta yepiskopları ilə birlikdə onlar mayın 1-də şahid dinləmələrinə başladılar. 21 şahid beş gün ərzində dinlənildi. Lakin onlardan heç biri tamplier deyildi. Onlardan 16-sı cəngavər ( krallığın seneşalı Filipp d’İbelen və marşal Rene de Suasson da daxil olmaqla), 2-si ruhani, 3-ü isə şəhərli idi.
Mayın 5-12-si arasındakı dövrdə isə tamplierlərin özlərinin istintaqına başanıldı. Saxlanılan 76 protokolun sənədlərindən görünür ki, onların da əksəriyyəti döyüşçülər idi. 1-4 iyun aralığında yeni dindirilmələr aparıldı. Lakin 35 şahidin yenə də heç biri tamplier deyildi və əldə olunan faktların heç biri tamplierlərin günahını sübuta yetirə bilmədi.
Məhkəmə prosesi dramatik sonluqla sonuclandı. Belə ki, iyunun 5 -də axşam kral Amori de Luzinyanın işgəncələrə məruz qalmış meyidi evinin yaxınlığındakı meşədən tapıldı. Onu boğmuşdular. Yenidən hakimiyyətə II Henrix gəldi.
1311- ci ilin avqustunda papa V Klement tamplierlərə qarşı işgəncələrdən istifadə etməklə yeni məhkəmə prosesinin başlanılması haqda göstəriş verdi. Yeni emissar olaraq Rodez yepiskopu və papanın şərq leqatı olan Pier de la Plen-Kassan təyin edildi. Bununla da tamplierlərin adada kütləvi həbslərinə və məhkəmə qarşısında işgəncələrə məruz qalma dövrü başlandı.
